Trái với tình cảm chống chủ nghĩa thực dân và những căng thẳng với Malaysia thời Sukarno, quan hệ ngoại giao của Indonesia từ thời chính sách "Trật tự Mới" của Suharto đã được đặt trên cơ sở hợp tác kinh tế và chính trị với các quốc gia phương Tây.[96] Indonesia duy trì quan hệ gần gũi với các nước láng giềng ở Châu Á, và là một thành viên sáng lập của ASEAN cùng Hội nghị cấp cao Đông Á.[97] Quốc gia này đã tái lập quan hệ với Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa năm 1990 sau một thời gian đóng băng bởi quan điểm chống cộng thời đầu cầm quyền của Suharto.[95] Indonesia đã là một thành viên của Liên hiệp quốc từ năm 1950,[98] và là một nước sáng lập Tổ chức không liên kết (NAM) và Tổ chức Hội nghị Hồi giáo (OIC).[97] Indonesia tham gia vào thỏa thuận Vùng Tự do Thương mại ASEAN, Nhóm Cairns, và WTO, và trong lịch sử từng là một thành viên của OPEC, dù đã rút lui vào năm 2008 bởi họ không còn là một nước xuất khẩu dầu mỏ. Indonesia đã nhận được viện trợ nhân đạo và viện trợ phát triển từ năm 1966, đặc biệt từ Hoa Kỳ, Tây Âu, Australia, và Nhật Bản.[97]

Chính phủ Indonesia đã làm việc với các quốc gia khác để ngăn chặn và truy tìm những kẻ đánh bom có liên quan tới các du kích Hồi giáo và Al-Qaeda.[99] Vụ gây tổn thất nhiều nhân mạng nhất đã giết hại 202 người, gồm 164 du khách quốc tế, ở thị xã nghỉ mát thuộc Bali Kuta năm 2002.[100] Những vụ tấn công, và những cảnh báo du lịch được đưa ra sau đó bởi các quốc gia khác, đã làm thiệt hại nghiêm trọng ngành công nghiệp du lịch và đầu tư nước ngoài.[101]

Các lực lượng vũ trang Indonesia (TNI) với 300.000 thành viên gồm Quân đội (TNI-AD), Hải quân (TNI-AL, gồm cả thủy quân lục chiến), và Không quân (TNI-AU).[102] Quân đội có khoảng 233.000 lính thường trực. Chi phí quốc phòng trong ngân sách quốc gia khoảng 4% GDP năm 2006, và được cung cấp thêm bởi các khoản lợi nhuận từ thương mại và các quỹ của quân đội.[103] Giai đoạn hậu Suharto từ năm 1998, đại diện thường trực của quân đội trong nghị viện đã bị bãi bỏ; dù bị giảm uy thế, ảnh hưởng chính trị của quân đội vẫn còn rất lớn.[104] Các phong trào ly khai tại các tỉnh Aceh và Papua đã dẫn tới xung đột vũ trang, và những cáo buộc vi phạm nhân quyền cũng như sự tàn ác từ tất cả các phía.[105] Sau một cuộc chiến du kích không thường xuyên kéo dài khoảng ba mươi năm giữa Phong trào Tự do Aceh (GAM) và quân đội Indonesia, một thỏa thuận ngừng bắn đã được ký kết năm 2005.[106] Tại Papua, đã có những điều luật tự trị cấp vùng quan trọng, dù vẫn chưa hoàn thiện và được áp dụng đầy đủ, và những vụ bạo lực cũng như vi phạm nhân quyền đã giảm bớt, từ khi Tổng thống Susilo Bambang Yudhoyono lên cầm quyền.[107]